La construcción empezó en 1535 — antes de que existiera la mayoría de las catedrales coloniales.
La primera fortificación permanente la ordenó el virrey Antonio de Mendoza en 1535 sobre un islote de coral frente al puerto de Veracruz. Las obras continuaron por más de 240 años: la fortaleza alcanzó su forma definitiva hacia 1779, después de pasar por al menos cinco campañas constructivas.